Структуру органов местного самоуправления Сегежского муниципального округа составляют:

1. Совет Сегежского муниципального округа - представительный орган Сегежского муниципального округа.
2. Глава Сегежского муниципального округа;
3. Администрация Сегежского муниципального округа - исполнительно-распорядительный орган Сегежского муниципального округа;
4. Контрольно-счетный комитет Сегежского муниципального округа -  контрольно-счетный орган Сегежского муниципального округа