Структуру органов местного самоуправления Сегежского муниципального района составляют:

1. Совет Сегежского муниципального района - представительный орган Сегежского муниципального района;
2. глава Сегежского муниципального района;
3. администрация Сегежского муниципального района - исполнительно-распорядительный орган Сегежского муниципального района;
4. контрольно-счетный комитет Сегежского муниципального района -  контрольно-счетный орган Сегежского муниципального района;
5. финансовое управление Сегежского муниципального района - финансовый орган Сегежского муниципального района.

Органы местного самоуправления сельских поселений Сегежского муниципального района:

Структуру органов местного самоуправления муниципального образования «Валдайское сельское поселение» составляют:

1. Совет Валдайского сельского поселения - представительный орган Валдайского сельского поселения;
2. глава Валдайского сельского поселения:
3. администрация Валдайского сельского поселения;
4. ревизионная комиссия Валдайского сельского поселения.

Структуру органов местного самоуправления муниципального образования «Идельское сельское поселение» составляют:

1. Совет Идельского сельского поселения;
2. глава Идельского сельского поселения;
3. администрация Идельского сельского поселения;
4. контрольно-счетный орган Идельского сельского  поселения (далее контрольно-счетный орган).

Структуру органов местного самоуправления муниципального образования «Поповпорожское сельское поселение» составляют:

1. Совет Поповпорожского сельского поселения - представительный орган Поповпорожского сельского поселения;
2. глава Поповпорожского сельского поселения;
3. администрация Поповпорожского сельского поселения;
4. ревизионная комиссия Поповпорожского сельского поселения.

Структуру органов местного самоуправления муниципального образования «Чернопорожское сельское поселение» составляют:

1. Совет Чернопорожского сельского поселения;
2. глава Чернопорожского сельского поселения;
3. администрация Чернопорожского сельского поселения;
4. ревизионная комиссия Чернопорожского сельского поселения.